Según lo establecido en la Ley de Aguas, constituye el órgano colegiado soberano de la Comunidad correspondiéndole todas las facultades no atribuidas específicamente a la Junta de Gobierno. Los acuerdos adoptados por la Junta General se comunican a la Junta de Gobierno para que los ordene cumplir a la estructura administrativa organizacional.

No es un órgano de gestión por lo que no forma parte del organigrama de gestión, aunque sus vocales son elegidos por la Junta General y su Presidente por la Junta de Gobierno.

Los Jurados de Riegos de las Comunidades de Regantes constituyen un órgano colegiado, y tanto la vigente Ley de Aguas como numerosa jurisprudencia le otorgan una naturaleza jurídica de verdadero Jurado de carácter administrativo, correspondiéndole la función de juzgar todas las presuntas infracciones de las Ordenanzas, cometidas por los usuarios del sistema hidráulico en materia de aguas y obras. Sus fallos solamente son susceptibles de revisión por el propio Jurado y son recurribles directamente ante la vía contencioso administrativa, lo cual da idea de su independencia del resto de órganos colegiados de la Comunidad e incluso de la propia Confederación Hidrográfica del Ebro.

Es la encargada de hacer cumplir lo establecido en las Ordenanzas, sus propios acuerdos, los de la Junta General y los del Jurado de Riegos, los cuales son comunicados a la estructura administrativa organizacional para su ejecución. Es el órgano colegiado que desempeña la importante función de adoptar los acuerdos de gestión de la Comunidad.

Es el órgano encargado de estudiar y preparar todos los temas relacionados con todas las áreas de trabajo de la Comunidad, informando y proponiendo la adopción de los acuerdos oportunos a la Junta de Gobierno.

En casos de urgencia y previa delegación autorizada por la Junta de Gobierno, la Comisión Permanente puede efectuar determinadas gestiones que sean precisas para garantizar una buena administración y una agilidad en la gestión de los asuntos de interés para la Comunidad General.

Le corresponde la dirección general de la estructura administrativa, ordenando ejecutar los acuerdos de la Junta de Gobierno a dicha estructura, y supervisando que la gestión se efectúa hacia el logro de los objetivos marcados.

Está formada por el personal laboral y profesionales independientes de la Comunidad, distribuido entre las distintas áreas y secciones, en función de las distintas actividades que se realizan y agrupadas por funciones (Jurídica, Económico-Financiera, Explotación, Minicentrales, etc). Dicha estructura es la encargada de ejecutar las resoluciones adoptadas por los órganos colegiados de la Comunidad, al objeto de conseguir los objetivos marcados.